'国六条'的推行将对化肥行业产生重大影响，但不同企业所受影响的差异很大。
具体而言，大型气头化肥企业将是政策实施后的最大受益者，其次是采用新型煤气化技术的化肥企业，再其次是与煤炭企业联姻的化肥企业。而那些规模小，技术落后，能耗高，且没有资源优势的中小化肥企业，处境将更加艰难。
气头化肥企业的成本优势十分明显。按大型化肥企业合成氨消耗天然气平均970立方米/吨计算，目前，气头化肥企业的原料成本仅780～1170元/吨，加上水、电等费用，合成氨综合加工成本约1600～1800元/吨，比国内合成氨平均成本低300～500元/吨。
新型煤气化化肥企业竞争力较强。新型煤气化技术所用原料为烟煤，其价格只有无烟块煤的一半，具有了较明显的成本优势。目前，按吨合成氨消耗1.5吨原料煤、0.9吨动力煤计算，新型煤气化化肥企业的合成氨原（燃）料成本为1000～1400元/吨，加上水、电等其他费用，其合成氨的综合加工成本约1700～1900元/吨，比国内合成氨平均成本低200～400元/吨。
拥有煤炭资源或与煤炭企业联姻的化肥企业也有一定的优势。这些企业可获得质优价廉的原料煤。目前，无烟块煤市场平均价950元/吨，但这些企业可以750～850元/吨的优惠价买到。按吨合成氨消耗1.45吨无烟块煤计算，其原料成本约1100～1300元/吨，加上水、电等其他费用，吨氨综合加工成本在2000元/吨左右，较全国平均成本低100元/吨。
中小企业劣势显现。中小化肥企业技术落后，能耗高，安全环保压力大，原料和产品靠公路运输，成本居高不下。即便在目前原料价格大幅下挫的情况下，其吨氨综合加工成本仍然高达2300元/吨以上，比全国平均成本高200元/吨以上。化肥价格放开后，虽然优惠政策未变，但要与大型企业在同一价格水平上竞争，其劣势就十分明显。随着时间的推移，会有很多小企业因资金链断裂或无法承受巨亏重压而纷纷停产倒闭。腾出的市场份额会让优势企业来分享，继而推动我国化肥产业结构不断调整和优化。
