8月25日，农业部发布部长韩长赋8月22日签发的2011年第3号令，发布实施新的《农作物种子生产经营许可管理办法》。新办法设定的种子生产和经营门槛有四个：注册资本200万元、500万元、3000万元、1亿元。转基因农作物种子生产、经营许可规定，将由农业部另行制定。
自2010年9月30日，农业部种植业管理司公开征求《农作物种子生产经营许可证管理办法》（修订稿）意见开始，在种业界引起了巨大震动。
公告称，《农作物种子生产经营许可管理办法》已经2011年农业部第四次常务会议审议通过，现予公布，自2011年9月25日起施行。农业部2001年2 月26日发布、2004年7月1日修订的《农作物种子生产经营许可证管理办法》（农业部令第48号）同时废止。在新办法施行前发布的有关种子生产、经营许可的规定与新办法不一致的，适用新办法。
新办法规定，主要农作物杂交种子及其亲本种子、常规种原种种子的生产许可证、经营许可证，由生产所在地县级农业行政主管部门审核，省级人民政府农业行政主管部门核发；其他主要农作物的种子生产许可证由生产所在地县级以上地方政府农业行政主管部门核发；种子进出口业务经营许可证，选育、生产、经营相结合注册资本达到1亿元以上的公司的种子经营许可证，由种子经营者所在地省级人民政府农业行政主管部门审核，农业部核发。种子生产许可证有效期3年，经营许可证有效期为5年。
申请杂交稻、杂交玉米种子及其亲本种子生产许可证、经营许可证的，注册资本不少于3000万元；申请其他主要农作物种子生产许可证的，注册资本不少于500万元；申请非主要农作物种子经营许可证的，注册资本不少于 200万元；从事种子进出口业务的公司申请种子经营许可证，注册资本不少于3000万元，固定资产不少于1000万元；实行选育、生产、经营相结合，注册资本达到1亿元以上的公司，申请种子经营许可证的，固定资产不少于5000万元。
生产的品种必须通过品种审定；生产具有植物新品种权的种子，还应当征得品种权人的书面同意。
新办法施行之日前已取得农作物种子生产许可证，且有效期在新办法施行之日至2012年4月1日届满的企业，种子生产许可证的有效期自动延展至2012年4 月1日；已取得农作物种子经营许可证，且有效期在新办法施行之日至2012年9月25日届满的企业，其种子经营许可证的有效期自动延展至2012年9月 25日。
与修订稿相比，非主要农作物种子经营许可证注册资本由500万元降为200万元。
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新办法规定，在许可证有效期内，种子生产、经营者停止生产、经营活动1年以上的；种子生产、经营者不再具备本办法规定的许可条件，经限期整改仍达不到要求的，发证机关应当注销许可证，并予以公告。
