1.1重市场经营管理轻生产管理。种子管理部门把大多的精力用于对种子流通领域的监管，加大查处和打击违法经营种子的行为，而对种子生产过程的监控实施较少。

　　1.2重经营企业单位的管理轻个体经营者的管理。种子法实施后，种子市场打破了画地为牢的行政区域垄断经营格局，特别是有经营种子实力的单位和个人纷纷介入，造成经营者繁杂且数量大。因此，出现在管理上对种子的流通经营中单位好找，个人难缠现象，对有单位、有组织的进行了有效管理，而对分散、数量大的个体则放松管理。

　　1.3管理和经营没有彻底分开。由于各地的实际情况不一，许多地方的种子公司和种子管理站还没有彻底分开，有的单位虽然形式上分开了，但经营管理职责没有明确分开，搞管理的继续参与经营，搞经营的一起参与管理。

　　1.4管理单位的人员、经费严重不足。许多农业执法大队或种子管理站仅有几个人，大多缺乏专业基础知识、法律知识，且持证较少。经费上仅保工资，缺乏开展工作经费。

　　1.5 种子质量检测机构少或检测手段较落后。有的地方没有设立种子质量监督检验站，设立种子质量监督检验站的，检测设备又比较落后老化，没有在种子质量管理中发挥作用。

　　1.6经营管理体制不适应。现行的种子体制大多数还是按行政区划设置的，一地一个国营种子公司，这是计划经济时代的产物。在当今市场经济的大环境下，种子不仅要面向国内市场，还要参加国际竞争，过去的体制已不适应新形势的发展，地方保护主义严重，画地为牢突出，执法现象不好，难以公正，不利于加强种子市场的管理和搞活种子经营。

　　1.7法制观念淡漠。在种子经营中，有法不依、执法不严、违法难纠的现象比较普遍。近些年来，在种子经营队伍中，一些不法分子为牟取暴利，不认真遵守国家有关的种子法律、法规，经营中以次冲好，以假乱真，坑害农民。而种子管理部门对待这些违法行为执法力度不够打击不力。
  　  1.8品种管理不严格。一些科研育种单位擅自推广未经审定的品种，有的甚至把一些试验材料也拿去供农民种植，有的将试种面积无限扩大，名试实推等。
  　  1.9种子质量把当不严。在出现的种子事故中，大多与种子质量有关。种子质量上问题主要表现：一是在生产中，不按种子生产操作规程和技术要求组织生产，造成种子纯度低。二是在加工中，一些加工企业粗加工多，精选、包衣少，商品化程度低，质量差。三是在对经营中的质量监督难以保证。许多种子经营单位没有种子检验设备，质量难以保证，有的地方没有种子质量监督检验结构，无法检验。

　　2.1法律法规体系尚不健全。如《种子法》是对种子进行管理的专业性法律，对种子质量如何进行监督管理规定得不够详尽。在农业部已经颁布的种子法配套法规中，只有农作物种子标签管理办法是进行种子质量监督管理的专门法规，且内容仅限于标签的制作、标注与管理；在农作物种子生产经营许可证管理办法中，只对申请农作物种子生产经营企业应具备的种子质量检验与管理的人员、设备和场所进行了规定；作为种子质量监督管理的技术性法规的产品质量标准，涉及作物仅占农业生产所用作物的一部分，还有相当一部分作物没有产品质量标准。现有的种子管理的法律法规体系，对入世后种子质量监督管理的针对性不够强，尚需进一步完善。
    　2.2监督抽查覆盖面不够宽、不够及时。如种子质量监督抽查的作物种类仅限于杂交水稻、杂交玉米、棉花、小麦、油菜和部分蔬菜，还有相当一部分作物种子没有抽查；监督抽查主要集中在部、省两级，且监督抽查的主体仅限于具有一定规模的种子企业；监督抽查的环节大多都集中在种子企业的仓库，对市场流通领域的监督抽查尚未大范围开展；作为种子质量监督管理的重要组成部分的地、市级种子管理部门，由于经费和条件的限制，监督抽查很少进行；在进行监督抽查时关于种子纯度的鉴定，基于目前的标准要求，主要采用田间小区种植鉴定，使抽查结果严重滞后，影响了监督抽查的效力发挥。
    　2.3种子企业与检验机构的建设与管理欠规范。对已有检验机构的管理，由于缺乏统一规范，各检验中心的管理水平参差不齐，影响了检验机构在种子质量监督管理中作用的发挥。
   　 2.4执法主体和形式不合法。一是存在农业行政主管部门在执法中以内部机构的名义执法，如采用农业综合执法大队或种子管理站等公章出具法律文书。二是存在委托不合法，按《中华人民共和国种子法》规定，各级农业行政主管部门是种子的执法机关，有的地方委托农业综合执法大队或种子管理站作为种子的执法机关。三是存在害怕承担责任，主次颠倒，《种子法》明确规定各级农业行政主管部门是种子的执法机关，可有的地方不主动执法，仍然主要依赖于工商行政管理、质量技术监督部门进行种子管理。

　　2.5增关设卡实施地方保护。许多地方为了维护本地种子部门的利益对外来经营种子的单位和经营不再分装的小包装种子的单位或个人增设关卡和设置障碍。一是违背法律增设管理程序，如对专门经营不再分装的小包装种子的、受有种子经营许可证委托销售种子的单位或个人，实行进入资格审查，对调运种子实行准运制度；对经营主要农作物以外品种进行强制登记、备案等。二是增加企业额外负担。一些地方要求经营单位使用种子管理部门统一制作的种子生产经营档案、种子标签、种子经营发票等。三是对外地种子经营单位的进入设置障碍。对外地种子经营单位进入本地要收取高额所谓的质量保证金；对进入本地经营种子的单位实行种子质量强制抽检，并要求必须经当地种子质量检验机构检验合格等。

　　2.6执法行为不规范。一是违法下达罚款指标。一些地方由于财政困难经费不足，农业局就给种子管理部门硬性下达罚没指标，用于解决执法工作经费的不足。二是随意实施行政强制措施。由于农业执法在社会的威望还不高，有的单位为了制造声势、提高威信，对种子经营单位只要经营的种子不符合有关规定就强行扣押种子。三是执法程序不规范。表现在调查笔录、表格制作书写、报告的整理编制、执法程序过程中的先后次序、有效时间的控制等不很规范。四是执法行为和管理力度不公正。主要表现在对内对外不一致，对本地的种子经营单位违法行为不作为或放宽政策或不及时查处，对外来经营种子的单位任意加大责任、提高罚款额度等。五是随意对种子质量进行抽样检验。

　　2.7经营手续不齐全。一是没有办理主要农作物种子生产许可证而生产主要农作物种子。一些国营和民营科研单位借科研为名扩大种子生产。二是没有办理主要农作物种子经营许可证而经营农作物种子。主要表现是原资质不合格的种子公司和国营农科所。三是没有按期备案，备案手续不齐。四是《种子经营许可证》与工商《营业执照》的经营范围不符。五是没有建立种子经营档案或极不规范。六是经营未经审定的品种。七是调运种子时没有附植物检疫证书。八是本身为受委托经营者又进行再委托。

　　2.8商品种子处理不规范。一是没有标签，或标签内容不全或不规范或标识不显目。二是提供的种子品种说明书过分简单，或者没有说明书。三是个别存在经营散装种子行为。

　　2.9竞争手段不合法。主要表现在，一是冒用知名种子企业的商标和品种。二是各种子经营单位为了有效占领市场相互诽谤。

　　2.10经营人员素质差。主要是缺乏对农作物种子基本知识的了解和服务意识差。特别是个体经营者体现尤为突出，对种子质量意识淡薄。

　　3.1加强种子法律法规标准制定和完善。大力宣传《中华人民共和国种子法》，种子法是搞好种子管理的有力武器，对我国种业走向市场，与国际接轨有着极其重大意义。管理部门要认真学习，大力宣传，结合本地特点贯彻执行。同时，要让广大的农民群众掌握法律武器，保护自己。依靠法律手段促使种子市场公平竞争。在宣传上组织开展多种形式的关于种子法律法规的宣传活动，如办墙报、板报、新闻媒体、印发资料等，做到种子管理、生产经营、消费者都知法、守法，用法律武器维护自己的权益。同时，加强多重培训工作，重点加强从业人员的培训工作，提高种子管理者和种子生产经营者的素质，既要培训生产加工检验储藏技术人员，也要培训企业营销和管理人员，还要培训行政管理和执法人员，既要进行法律法规培训也要进行业务培训，还要进行综合理论培训。

　　3.2理顺经营管理体制，建立种子管理机构和执法队伍。一是经营与管理分开，分清职责，各司其职，做到搞管理的不搞种子经营，搞经营的自觉遵纪守法，服从管理，相互监督。同时要解放思想、转变观念，打破经营行政区域，促进种子市场公平竞争，共同发展。二是完整的机构和严格的执法队伍是维护管理好种子市场的关键，管理执法人员要有强烈的事业心、责任心，心里要装着亿万农民，同时要掌握种子生产管理的基本知识，熟悉种子法规。没有一批思想好、业务精、作风硬、办事公道、纪律严明、能打硬仗的执法队伍，种子管理工作是搞不好的。与此同时，还要解决好管理手段落后和经费不足的问题，以保证管理业务的顺利开展。
   　 3.3履行职责，搞好服务工作，严格执法。农业行政主管部门，在实施种子管理时，要认真按照《中华人民共和国种子法》及相关的法律法规履行法定职责，依法行政。同时，制定各种规章制度，严格执法程序，坚决打击销售假冒伪劣种子行为，努力做到执法公正、程序合法、适用法律正确，防止地方保护主义、执法不公和不作为行为。种子管理部门只能按照《中华人民共和国种子法》及相关的法律法规要求，认真履行法定职责，不要增关设卡，要为种子经营单位发展创造宽松的环境，决不增加企业法定以外的责任。同时，做好提供法律咨询、品种开发、品审情况、供种信息等服务工作。

　　3.4规范种子生产经营行为，依法生产经营。

　　3.4.1种子生产全程监管。种子生产企业要将种子质量放在首位，建立严格的质量责任制，明确每个人的责、权、利，实行种子生产标准化、规范化、科学化管理。同时根据种子育繁推技术要求，严格操作程序与制度；建立高效灵敏的质量信息反馈网络。生产上把好亲本、隔离、花期除杂、收割收购、入库、精选加工等各环节。

　　3.4.2严格种子生产、经营许可证的发放。认真执行《中华人民共和国种子法》及相关法律法规的规定，严把种子生产、经营许可证的发放。坚持主要农作物种子的生产、经营许可证由县级以上农业行政主管部门审核，省级农业行政主管部门核发；主要农作物以外的种子生产、经营许可证由县级以上农业行政主管部门核发。对达不到要求的种子生产、经营单位坚决不予审核、颁证。
    　3.4.3坚持持证生产、经营。种子是一种特殊商品，农业生产的基本资料。因此，必须把好生产经营关。种子管理部门要对本地种子生产的品种、面积、地点、隔离条件、生产管理水平等要具体掌握，对经营的品种、数量、流向要了解。特别是对无证生产的坚决给予取缔，无情打击。
   　 3.4.4加大企业监督管理力度，促进企业经营行为规范化。要建立合理的投资渠道，增加对企业有关质量检验与管理基本设施的投入力度，帮助企业建立健全质量保证体系。要严把种子企业入口关，在审批种子企业经营许可证时，加强对企业种子质量检验与管理内容的审查，督促企业配备与企业生产经营规模相适应的种子检验与质量的基础设施与人员。要加强对种子企业的定期审查工作，通过审查发现企业有关质量检验与管理工作存在的缺陷，促进企业提高种子质量。要积极引导企业进行质量体系和产品认证工作，通过质量体系和产品认证工作，规范企业的生产经营行为，提高企业全员质量意识。

　　3.4.5切实加强不须办理经营许可证的经营者的管理

　　第一，对书面委托的经营单位，备案时严格把关。要有一些地方性的政策规定，严格审核设立委托代销数量与委托单位的实际经营能力是否相适应，规范在委托合同上要内容具体，质量责任、义务条款具体明晰，有制约双方的措施，备案时手续完备，一旦发生种子质量问题，追查到底，要由有种子经营许可证的单位承担全部经济责任。

　　第二，对专门经营不再分装的包装种子的管理。对数量大分布广的个体经营者的管理，各地是否根据本地实际制定必要的细化管理措施，要达到一定的条件，工商部门才办理营业执照，如有必要的资金，建立种子经营档案，这样种子管理部门才可以通过有效监督管理，一旦出现种子纠纷，才能了解种子经营者的赔偿能力，从而保护农民利益。

　　3.5严格品种管理。没有审定的品种坚决不准推广，坚决制止名示实推广的行为，严格按照《主要农作物品种审定办法》　　　　　第四章品种试验规定办理，一个地区的品种示范要限制品种个数，示范面积要严格控制。同时加强对引进新品种的管理，对那些乱引种而造成损失的应严厉打击。对投放的品种要根据其特征特性和符合群众要求，适销对路。

　　3.6 加强监督抽查工作，促进种子质量监督抽查制度化。一要增加监督抽查的作物种类，全面掌握种子质量状况。二要增加对种子质量监督抽查经费的投入，为种子检验机构实施监督抽查工作创造条件。三要公布监督抽查的结果，在有关媒体上公布质量监督抽查信息，表彰优质合格种子企业，通报批评质量差的企业，使农民知道如何选择优质合格良种。应组织经常性的种子质量监督抽查。通过对种子加工企业及市场流通种子进行监督抽查，减少不合格种子流向农民，给农业生产造成损失。社会舆论的监督，也是种子质量监督管理的重要方面。《种子法》实施后，各级农业主管及种子管理部门，还设立了举报电话，农民可以通过电话直接举报，求得政府和法律援助，避免因使用假劣不合格种子给农业生产造成损失。

　　3.7加大对检验机构的投入，完善全国种子质量监督检验网络体系。种子检验机构主要职能是受各级农业行政主管部门委托，进行种子质量检验，是公益性、非营利的技术机构，基本建设应由政府财政投入，特别是要加大对地、市级种子检验机构的投入力度，使其真正承担起本辖区种子质量监督管理的职能。还要加强对检验机构的业务指导，组织国家有关检验机构认可、计量认证知识的培训，促进种子检验机构建立质量标准体系，更好地为社会提供服务。同时加强对种子检验人员的培训考核，提高队伍的素质。